Након Четвртог удара, насукани без својих Евангелиона, Шинђи, Асука и Реи налазе уточиште у једном од ретких џепова човечанства који још увек постоје на уништеној планети Земљи. Тамо свако живи животом далеко другачијим од дана када су били пилоти Евангелиона. Међутим, опасност за свет је далеко од краја. Нови утицај се назире на хоризонту — онај који ће се показати као прави крај Евангелиона.