‘에반게리온’ 신극장판 시리즈의 제4부이자 완결편 미사토가 이끄는 반네르프 조직 ‘빌레’는 코어화로 붉게 물든 파리 구시가에 있다. 기함 AAA 분더에서 선발대가 강하하여, 남겨져 있던 봉인주에 안착한다. 복원 작전의 작업 가능 시간은 고작 720초. 결사의 작전 수행 중 ‘네르프’의 EVA가 대량으로 무리를 이루고 접근하여, 마리의 개(改) 8호기가 요격을 개시한다. 한편 신지, 아스카, 아야나미 레이 (가칭) 세 사람은 일본의 대지를 떠돌고 있다…….