No século XVII, dois padres jesuítas vindos de Portugal - Sebastião Rodrigues e Francisco Garrpe - viajam até ao Japão, sob ordens da igreja, na esperança de encontrarem o seu mentor, o padre Cristóvão Ferreira, que alegadamente cometeu apostasia. Nas terras nipónicas sob o regime Xogunato Tokugawa, que baniu o catolicismo e quase todo o contacto com o estrangeiro, os dois jovens religiosos testemunham a perseguição dos japoneses cristãos pela mão do seu próprio governo. Eventualmente, o par separa-se com Rodrigues a viajar até ao campo, interrogando-se sobre o silêncio de Deus face ao sofrimento dos seus filhos.