Wiele lat temu odkryto i zatuszowano w północnym Teksasie straszliwą tajemnicę, która po latach wychodzi na jaw. Jej odkrycie może zagrozić istnieniu całej ludzkości. Gdy w Dallas zostaje wysadzony jeden z budynków, zwierzchnictwo wini za to Muldera (David Duchovny) i Scully (Gillian Anderson). Dr Kurtzweil (Martin Landau) przekonuje Muldera, że planowane jest rozprzestrzenienie groźnego wirusa na cały świat, a za wszystko odpowiedzialność ponoszą siły pozarządowe. Mulder i Scully rozpoczynają prywatne śledztwo, starając się odnaleźć źródło infekcji. Trop prowadzi ich do jaskini w północnym Teksasie.