Dankzij de magische 'boom van de tijd' vangen Nobita en Doraemon een gigantische vogel genaamd Moa, die al meer dan vijfhonderd jaar is uitgestorven. Om het uitsterven van het gigantische dier te voorkomen, brengen Nobita en Doraemon, samen met hun vrienden Shizuka, Gian en Suneo, de vogel naar Beremon Island, waar verschillende wezens, elders uitgestorven, blijven bestaan, beschermd door een gouden insect genaamd Herakles.