Τόκιο, κοντά στο τέλος του Β' Παγκοσμίου Πολέμου. Ο 11χρονος Mahito χάνει τη μητέρα του και βρίσκει καταφύγιο με τον πατέρα του σε μία παλιά έπαυλη στην εξοχή, όπου στέκει ένας ερειπωμένος πύργος που φιλοξενεί έναν γκρι ερωδιό. Ο Mahito παλεύει με τα αντικρουόμενα συναισθήματα που νιώθει για τον πατέρα του και τη μητριά του Natsuko, που τυχαίνει να είναι η μικρότερη αδελφή της μητέρας του. Και σαν να μην έφταναν όλα αυτά, στο σχολείο νιώθει αποξενωμένος. Ο Mahito έχει ακούσει ότι ο πύργος χτίστηκε από τον αδελφό του παππού του, που τελικά χάθηκε μέσα του για πάντα. Μια μέρα η Natsuko εξαφανίζεται, οπότε ο Mahito καταφεύγει στον πύργο για να τη βρει. Ακολουθώντας τον γκρι ερωδιό, καταλήγει να βιώνει μία οδύσσεια σε έναν άλλο κόσμο. Ο Mahito θα βρεθεί σε μία αλλόκοτη διάσταση όπου ζωντανοί και πεθαμένοι συμβιώνουν. Μέσα από τις συναντή- σεις με τους εκπληκτικούς κατοίκους θα μάθει τα μυστικά του κόσμου.