Už je to chvíle od toho, co se Šindži Ikari probral ve světě o čtrnáct let starším, než ho znal. Nedostává pochopení jak na straně svého otce a jeho společnosti NERVE, tak na straně nově vzniklé organizace WILLE, která se proti NERVE snaží bojovat. A ten jediný člověk, kterému se Šindži dokázal otevřít, zemřel přímo před jeho očima. Nyní se utápí v silné depresi a samotný život pro něj už nic neznamená. Když ale zjistí, že se jeho otec snaží spustit další „dopad“, který zničí lidstvo takové, jaké ho známe, bude se muset sám se sebou vyrovnat a pomoct všem svým starým přátelům.