Αποκλεισµένα στους υπονόµους από τον θετό τους πατέρα, τον µεταλλαγµένο αρουραίο Splinter που πιστεύει ότι ο έξω κόσµος δεν θα τα αποδεχτεί ποτέ, τα Χελωνονιντζάκια λαχταρούν περισσότερο από οτιδήποτε να ζήσουν σαν συνηθισµένοι έφηβοι. Όταν γνωρίσουν µία νεαρή φιλόδοξη ρεπόρτερ, την April O’Neil, και µάθουν για το σχέδιό της να κατατροπώσει τον µεταλλαγµένο εγκληµατία Superfly, βρίσκουν την τέλεια ευκαιρία. Αν απαλλάξουν την πόλη από το έγκληµα, µήπως η πόλη θα τους αποδεχτεί επιτέλους;